Zgodnie z zapisami art. 6 Ramowej Dyrektywy Wodnej, Państwa Członkowskie zobligowane są do utworzenia rejestru wszystkich obszarów wymagających szczególnej ochrony, w celu zachowania dobrego stanu znajdujących się tam wód powierzchniowych i podziemnych oraz dla utrzymania siedlisk i gatunków bezpośrednio uzależnionych od wody. Należy również dokonywać przeglądu oraz uaktualniania tego rejestru.
W Polsce, zgodnie z transpozycją zapisów RDW do Ustawy Prawo wodne z dnia 18 lipca 2001 r. rejestr obszarów chronionych został utworzony w 2003 r., a jego uaktualnienie miało miejsce w roku 2007.
Obecnie prowadzone są prace nad aktualizacją rejestru na potrzeby kolejnego cyklu planistycznego.
Rejestr wykazów obszarów chronionych, zgodnie z art. 113, ust. 4 sporządzany dla każdego obszaru dorzecza, obejmuje wykazy:
1. Obszary przeznaczone do poboru wody w celu zaopatrzenia ludności w wodę przeznaczoną do spożycia.
Obszary przeznaczone do poboru wody w celu zaopatrzenia ludności w wodę przeznaczoną do spożycia wyznaczane są jako obszary jednolitych części wód powierzchniowych i jednolitych części wód podziemnych, z których ujmowana jest woda odpowiednio powierzchniowa lub podziemna, wykorzystywana w celach komunalnych, bądź do produkcji środków spożywczych lub farmaceutycznych. Średnia wielkość poboru dla takich części wód powinna wynosić średnio powyżej 10 m3 na dobę lub służyć więcej niż 50 osobom. Powinny być uwzględniane również części wód przeznaczone do takich celów w przyszłości. Wyznaczone obszary powinny być chronione w celu zachowania odpowiedniej jakości i ilości zasobów wód oraz dla zredukowania poziomu uzdatniania wymaganego przy produkcji wody do spożycia.
Wykazy obszarów przeznaczonych do poboru wody w celu zaopatrzenia ludności w wodę przeznaczoną do spożycia opracowywane są na podstawie zrealizowanych w poszczególnych regionach wodnych przez dyrektorów regionalnych zarządów gospodarki wodnej wykazów wód powierzchniowych i podziemnych wykorzystywanych do zaopatrzenia ludności w wodę przeznaczoną do spożycia.

2. Obszary przeznaczone do ochrony gatunków zwierząt wodnych o znaczeniu gospodarczym.
Wykaz sporządzony w roku 2007 nie zawierał obszarów do ochrony gatunków zwierząt wodnych o znaczeniu gospodarczym.
3. Jednolite części wód przeznaczone do celów rekreacyjnych, w tym kąpieliskowych.
Jednolite części wód przeznaczone do celów rekreacyjnych, w tym kąpieliskowych, identyfikowane są jako części wód, na których istnieje rekreacyjne użytkowanie wód poprzez organizowanie kąpielisk. Przedmiotowe JCWP wyznaczane są zgodnie z zapisami Dyrektywy 76/160/EWG z dnia 8 grudnia 1975 r. dotyczącej wody w kąpieliskach (uchylona Dyrektywą 2006/7/WE z dnia 15 lutego 2006 r. dot. zarządzania jakością wody w kąpieliskach), transponowanej przez Ustawę Prawo wodne oraz przez Rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 16 października 2002 r. w sprawie wymagań, jakim powinna odpowiadać woda w kąpieliskach.

4. Obszary wrażliwe na eutrofizację wywołaną zanieczyszczeniami pochodzącymi ze źródeł komunalnych.
Państwa Członkowskie zobowiązane są na mocy zapisów Dyrektywy 91/271 EWG dot. oczyszczania ścieków komunalnych, wyznaczyć na swoim terytorium obszary wrażliwe na eutrofizację spowodowaną zanieczyszczeniami pochodzącymi ze źródeł komunalnych. Polska wyznaczyła cały obszar Państwa jako obszar wrażliwy, wobec czego Dyrektywa 91/271/EWG wdrażana jest na całym terytorium kraju poprzez realizację zapisów następujących programów:
5. Obszary narażone na zanieczyszczenia związkami azotu, pochodzącymi ze źródeł rolniczych.
Obszary narażone na zanieczyszczenia związkami azotu, pochodzącymi ze źródeł rolniczych stanowią obszary, z których mają miejsce spływy do wód powierzchniowych i/lub podziemnych, które zawierają lub mogą zawierać ponad 50 mg/l azotanów, jeżeli nie zostaną podjęte działania opisane w dyrektywie, oraz mają miejsce spływy do wód, które są eutroficzne lub mogą stać się eutroficzne, jeżeli nie zostaną podjęte działania.
Obszary te nazywane są strefami wrażliwymi na zanieczyszczenie związkami azotu, oznaczone:
Transpozycja dyrektywy azotanowej do prawa krajowego nastąpiła poprzez:
Dotychczasowe działania
W ramach wdrażania Dyrektywy Azotanowej wyznaczono w Polsce dla pierwszego okresu (2004 – 2007) 21 obszarów szczególnie narażonych na azotany pochodzenia rolniczego, z których odpływ azotu ze źródeł rolniczych do wód należy ograniczyć (tzw. OSN), obejmujących 2 % powierzchni kraju, a dla drugiego okresu (2008 – 2011) – 19 OSN obejmujących 1,49 % powierzchni kraju.
Podstawą wyznaczenia OSN była:
OSN umocowane zostały prawnie w pierwszym okresie za pomocą 11 rozporządzeń dyrektorów poszczególnych regionalnych zarządów gospodarki wodnej (RZGW), wydanych w większości w końcu 2003 r. i w I kwartale 2004 r., które w drugim okresie zastąpione zostały 12 rozporządzeniami, wydanymi na początku 2008 r. Rozporządzenia Dyrektorów RZGW zostały opublikowane w Dziennikach Urzędowych poszczególnych województw.

6. Obszary przeznaczone do ochrony siedlisk lub gatunków, ustanowionych w ustawie o ochronie przyrody, dla których utrzymanie lub poprawa stanu wód jest ważnym czynnikiem w ich ochronie.
Obszary przeznaczone do ochrony siedlisk lub gatunków, ustanowionych w ustawie o ochronie przyrody, dla których utrzymanie lub poprawa stanu wód jest ważnym czynnikiem w ich ochronie zostały wyznaczone w Polsce poprzez analizę wzajemnego położenia obszarów chronionych tj. obszarów Natura 2000 (w tym obszarów wyznaczonych na mocy Dyrektywy 79/409/EWG z dnia 2 kwietnia 1979 roku w sprawie ochrony dzikich ptaków (ze zm.) oraz na mocy Dyrektywy 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 roku w sprawie ochrony siedlisk naturalnych oraz dzikiej fauny i flory (ze zm.)), parków narodowych i krajobrazowych wraz z otulinami, rezerwatów przyrody wraz z otulinami oraz zidentyfikowanych obszarów występowania ekosystemów uzależnionych od odpowiedniego stanu zasobów wodnych, tj. mokradeł na glebach mineralnych, torfowisk i in. Miejsca pokrycia się tych stref zostały wyznaczone jako obszary przeznaczone do ochrony siedlisk lub gatunków, dla których utrzymanie lub poprawa stanu wód jest ważnym czynnikiem w ich ochronie. Dla wskazanych terenów przeanalizowano rodzaj i nasilenie występujących presji oraz stopień zagrożenia degradacją pod kątem zidentyfikowanych czynników antropogenicznych. Oszacowanie aktualnego stanu, tendencji zmian oraz potencjalnych trendów przekształceń zbiorowisk roślinnych stało się podstawą do wskazania głównych działań naprawczych mogących powstrzymać jak również naprawić szkody w ekosystemach od wód zależnych.
W celu uzyskania pełnych informacji dla utworzenia tego rejestru w zakresie siedlisk i gatunków bezpośrednio uzależnionych od wody Krajowy Zarząd Gospodarki Wodnej zrealizował pracę pt.: „Ekosystemy lądowe pozostające w dynamicznych relacjach z wodami podziemnymi i powierzchniowymi dla obszarów dorzeczy w Polsce (z wyłączeniem regionu wodnego Warty)”. W jej wyniku powstało m.in. opracowanie merytoryczne porządkujące zagadnienia odnoszące się do ekosystemów lądowych pozostających w dynamicznych relacjach z wodami podziemnymi i powierzchniowymi, a także opracowanie, które zawiera charakterystykę ekosystemów lądowych pozostających w dynamicznych relacjach z wodami podziemnymi i powierzchniowymi w odniesieniu do każdego RZGW oraz charakterystyki poszczególnych obszarów prawnie chronionych istotnych ze względu na występowanie i ochronę mokradeł.